2004年前，南宁机场与民航南宁站场站合一，2004年3月机场属地化改革，更名为广西机场管理集团有限责任公司南宁吴圩国际机场公司，公司设：党群工作部、经营质量部、人力资源部、财务管理部、办公室、客货销售公司、候机楼管理公司、公安分局、安全检查站、航空信息公司、物业管理公司、修缮动力公司、运行指挥中心、地勤服务公司，现有员工500余人，主要为国内外航空公司提供地面代理服务，为旅客、货主提供地面运输服务。目前，机场共开通二十六条国内航线，国际及地区航线各一条，初步形成了联络全国各地的空中交通网络。目前，深圳航空公司和广西航空公司在南宁设立基地公司，停放飞机过夜。